После проведения казней и наказаний основных участников восстания, Екатерина II, с целью искоренения любых упоминаний событий, связанных с Пугачёвским движением и ставивших её правление не в лучшем свете в Европе, в первую очередь издала указы о переименовании всех мест, связанных с этими событиями. Так, станица Зимовейская на Дону, где родился Пугачёв, была переименована в Потёмкинскую, а сам дом, где родился Пугачёв, было велено сжечь. Река Яик была переименована в Урал, Яицкое войско — в Уральское казачье войско, Яицкий городок — в Уральск, Верхне-Яицкая пристань — в Верхнеуральск. Имя Пугачёва предавалось в церквях анафеме наряду со Стенькой Разиным, для описания событий возможно использование лишь слов как «известное народное замешательство» и т. п.
В 1775 году последовала губернская реформа, по которой осуществлялось разукрупнение губерний, и их стало 50 вместо 20.
Была скорректирована политика по отношению к казачьим войскам, ускоряется процесс их трансформации в армейские подразделения. Казачьим офицерам активнее передаётся дворянство с правом владения своими собственными крепостными, тем самым утверждая войсковую старшину в качестве оплота правительства. Вместе с тем по отношению к Уральскому войску делаются экономические послабления.
Примерно та же политика проводится по отношению к народностям региона восстания. Указом от 22 февраля 1784 года было закреплено одворянивание местной знати. Татарские и башкирские князья и мурзы приравниваются по правам и вольности к российскому дворянству, включая и право владения крепостными, правда, только мусульманского вероисповедания. Но при этом оставлена попытка закрепостить нерусское население края, башкиры, калмыки и мишари были оставлены на положении военно-служилого населения. В 1798 году было введено кантонное управление в Башкирии, во вновь образованных 24 областях-кантонах управление осуществлялось на военный лад. Калмыки также переведены на права казачьего сословия.
В 1775 году казахам разрешено кочевать в пределах традиционных пастбищ, попавших за пределы пограничных линий по Уралу и Иртышу. Но данное послабление пришло в противоречие с интересами расширяющихся пограничных казачьих войск, часть данных земель уже была оформлена в качестве поместий нового казачьего дворянства либо хуторов рядовых казаков. Трения привели к тому, что затихшие было волнения в казахских степях развернулись с новой силой. Предводителем восстания, в итоге продлившегося более 20 лет, выступил участник движения Пугачёва Срым Датов.
Восстание Пугачёва нанесло огромный ущерб металлургии Урала. К восстанию полностью присоединились 64 из 129 существовавших на Урале заводов, численность приписанных к ним крестьян составляла 40 тысяч человек. Общая сумма убытков от разрушения и простоя заводов оценивается в 5 536 193 рубля. И хотя заводы удалось быстро восстановить, восстание заставило пойти на уступки по отношению к заводским работникам. Главный следователь на Урале капитан С. И. Маврин сообщал, что приписные крестьяне, которых он считал ведущей силой восстания, снабжали самозванца оружием и вступали в его отряды, потому что заводчики угнетали своих приписных, вынуждая крестьян преодолевать длинные расстояния до заводов, не разрешали им заниматься землепашеством и продавали им продукты по завышенным ценам. Маврин считал, что для предотвращения в будущем подобных волнений необходимо принять решительные меры. Екатерина писала Г.A.Потёмкину, что Маврин «об заводских крестьян что говорит, то все весьма основательно, и думаю, что с сими иного делать нечего, как купить заводы и, когда будут казённые, тогда мужиков облехчить». 19 мая 1779 года был издан манифест об общих правилах использования приписных крестьян на казённых и партикулярных предприятиях, который несколько ограничивал заводчиков в использовании приписанных к заводам крестьян, ограничивал рабочий день и увеличивал оплату труда.