С 1549 года вместе с Избранной радой (А. Ф. Адашев, митрополит Макарий, А. М. Курбский, протопоп Сильвестр) Иван IV осуществил ряд реформ, направленных на централизацию государства: Земскую реформу, Губную реформу, провел преобразования в армии. В 1550 году был принят новый судебник, который ужесточил правила перехода крестьян (размер пожилого был увеличен) . В 1549 году был созван первый Земский собор. В 1555—1556 Иван IV отменил кормления и принял Уложение о службе
При Иване Грозном был запрещён въезд на территорию России еврейских купцов. Когда же в 1550 году польский король Сигизмунд-Август потребовал, чтоб им был дозволен свободный въезд в Россию, Иоанн отказал в таких словах: «в свои государства Жидом никак ездити не велети, занеже в своих государствах лиха никакого видети не хотим, а хотим того, чтобы Бог дал в моих государствах люди мои были в тишине безо всякого смущенья. И ты бы, брат наш, вперёд о Жидех к нам не писал» [32], поскольку они русских людей «от христианства отводили, и отравные зелья в наши земли привозили и пакости многие людям нашим делали» [33][34].
С целью устроить типографию в Москве царь обратился к Кристиану II с просьбой выслать книгопечатников, и тот прислал в 1552 году в Москву через Ганса Миссингейма Библию в переводе Лютера и два лютеранских катехизиса [35], но по настоянию русских иерархов план короля по распространению переводов в нескольких тысячах экземпляров был отвергнут [36].
В начале 1560-х годов Иван Васильевич произвел знаковую реформу государственной сфрагистики. С этого момента в России появляется устойчивый тип государственной печати. Впервые на груди древнего двуглавого орла появляется всадник — герб князей Рюрикова дома, изображавшийся до того отдельно, и всегда с лицевой стороны государственной печати, в то время как изображение орла помещалось на оборотной: «Того же году (1562) февраля в третий день Царь и Великий Князь печать старую меньшую, что была при отце его Великом Князе Василии Иоанновиче, переменил, а учинил печать новую складную: орел двоеглавый, а среди его человек на коне, а на другой стороне орел же двоеглавый, а среди его инърог» . Новая печать скрепила договор с Датским королевством от 7 апреля 1562 года.