Основные отличия:
Ремесленная мастерская была одним цехом, когда в мануфактуре их было несколько.
В ремесленной мастерской работал один мастер и его подмастелья, а во главе мануфактуры стоял управляющий, и работали там наёмные работники.
В ремесленной мастерской один человек выполнял всю работу, в мануфактуре производство разделялось на этапы, и один человек выполнял один этап.