В XVI веке между Шейбанидами и Бабуридами установились дипломатические отношения. Абдуллахан к правителю государства Бабуридов Акбаршаху четырежды направлял своих послов. В 1586 году посол Акбаршаха прибыл в Бухару. Дипломаты двух стран в своих посольских отношениях обсуждали вопрос о своих интересах, связанных с Хорасаном. В Индию также направлялись архитекторы, художники-миниатюрщики. Между двумя странами поддерживались торговые отношения.В эпоху сына Акбаршаха Джахангиршаха (1605-1627) и бухарского хана Имамкулихана были продолжены посольские отношения между двумя странами. Но в эпоху сына Джахангиршаха шаха Джахана (1628-1658) в отношениях Индии и Бухары преобладала напряженность. Это было связано с конфликтом, произошедшим между бухарским ханом Надиром Мухаммадханом и его сыном Абдулазизом. Свергнутый со своего трона Надир Мухаммадхан сбежал в Балх. Чтобы победить сына, он просит помощи у правителя государства Бабуридов (Индии) шаха Джахана. Шах Джахан в это время ждал удобного момента, чтобы завоевать Балх. Он тут же направляет на Балх свою "помощь". Надир Мухаммадхан поняв, что индийские войска прибыли в Балх не для оказания помощи, а для того чтобы завоевать его, бежит в Иран.В 1645 году Абдуллахан осадил Балх. В конце концов индийские войска были вынуждены возвратиться на свою родину.Между Аврангзебом Аламгиром (1658-1707) и Абдуллаханом и Субханкулиханом были продолжены посольские отношения. Хотя после Аврангзеба династия Бабуридов правила в Индии еще в течение 150 лет, это правление уже шло к упадку. Несмотря на это, отношения между Индией и Бухарой не прекратились. Торговые связи также продолжались непрерывно.