Долгое время золотоордынские правители проводили политику веротерпимости. Вызвана она была не столько религиозным равнодушием первых ханов-язычников, сколько рациональными соображениями. Скроенной из разных этносов и религий Монгольской империи для существования и процветания был необходим религиозный мир.
Православному духовенству, призванному отныне молиться за «царя» , были сохранены все земли и привилегии. Больше того, последние были даже приумножены. Духовенство было освобождено от уплаты дани. Многие монастыри и церковные иерархии получали от монгольских правителей тарханы — хозяйственные, административные и судебные преимущества и льготы. Эта судебно-административная автономия поставила церковь в особое положение, которое находило свое отражение в позиции митрополитов в период собирания русских земель.
В XIII—XIV вв. получила дальнейшее развитие церковная организация. В Сарае, где находилось немало русских пленников, с согласия правителей Золотой Орды была образована особая епархия. Позднее появились Тверская, Суздальская, Коломенская и Пермская епархии.
И старые, и новые епархии находились в ведении киевского митрополита. Последние, после разорения и падения роли Киева, не сразу нашли для себя постоянное пристанище. Лишь в начале XIV в. их резиденцией стал Владимир.
В условиях, когда одна часть древнерусских земель оказалась в составе Золотой Орды, а другая — Литвы, о прежнем единстве напоминала именно единая Киевская митрополия. Это придавало митрополитам особый вес и особую роль, выходящую за рамки религиозных отношений. В разнообразных столкновениях между удельными и великими князьями им нередко приходилось выступать в роли миротворцев и третейских судей.