Річка бере початок на Східно-Африканському плоскогір'ї і впадає Середземному морі, утворюючи дельту. У верхній течії приймає великі притоки - Бахр-ель-Газаль (лівий) іАчва, Собат, Блакитний Ніл і Атбара (праві). Нижче гирла правої притоки Атбара Ніл тече по напівпустелі, не маючи приток протягом останніх 3000 км.