В окнах огней уже нет, и фонари потухли. Ставим запятую, потому что 2 простых предложения связаны сочинительной связью с помощью союза "и", грамматическая основа в первом простом предложении - НЕТ (сказуемое), во втором простом предложении - ФОНАРИ (подлежащее) ПОТУХЛИ (сказуемое).
От церквей разносятся звуки колоколов и, колыхаясь над спящим городом, поминают об утре. Обособляем деепричастный оборот с двух сторон запятыми. Перед "и" не ставим запятую, т.к. само предложение простое, с однородными сказуемыми ( звуки РАЗНОСЯТСЯ и ПОМИНАЮТ).
Редко где промесит узкими полозьями песок со снегом ночной извозчик и, перебравшись на другой угол, заснёт, дожидаясь седока.
Выделяем деепричастные обороты.