Генетический или же цитоморфологический критерий основан на различии видов по кариотипам, то есть числу, форме и размерам хромосом. Как правило, особи одного вида имеют идентичные кариотипы. Однако, этот критерий не является универсальным.
На данном рисунке мы видим, что у организма 2 на одну пару хромосом меньше, чем у организма 1. Наиболее вероятно, что различие в кариотипах обусловлено принадлежностью организмов к разным видам.Однако, может статься, что нехватка двух хромосом обусловлена разновидностью геномных мутаций — анеуплоидией. В организме 1 наличествует 23 пары хромосом, то бишь диплоидный набор 2n состоит из 46 хромосом. В организме 2 - 22 пары хромосом. Если организм 2 является представителем другого вида, его диплоидный набор 2n - 44 хромосомы. Если организм 2 принадлежит к тому же виду, что и организм 1, то его диплоидный набор имеет вид 2n-2. Такое отклонение называется нуллисомией (отсутствием 2-х гомологичных хромосом) и является разновидностью анеуплоидии.