I. Световая микроскопия:
1. Фазово-контрастная микроскопия (позволяет резко повысить контрастность изображения объекта)
2. Поляризационная микроскопия (в результате двойного лучепреломления объект оказывается ярко светящимся на темном фоне)
3. Интерференционная микроскопия (свет, прошедший через объект, испытывает фазовый сдвиг, и изображение строится таким образом, что участки клетки, обладающие разной плотностью, отличаются друг от друга по степени контрастности)
4. Микроскопия в темном поле (изображение попадает в объектив в результате отражения света от объекта, благодаря чему мельчайшие частицы выглядят светящимися точками на темном поле)
5. Ультрафиолетовая микроскопия (компоненты объекты обладают специфическим поглощение УФ-лучей с определенное длиной волны, что позволяет выявить их без окрашивания)
6. Флуоресцентная микроскопия (метод позволяет определить места расположения нуклеиновых кислот, витаминов, жиров и др.)
7. Дифференциальное ультрацентрифугирование.
II. Электронная микроскопия:
1. Трансмиссионная электронная микроскопия (изображение на флуоресцирующем экране электронного микроскопа при рассеивании пучка электронов объектом)
2. Сканирующая электронная микроскопия (метод изучения трехмерной поверхности клетки действием пучка электронов по поверхности объекта).
III. Рентгеноструктурный анализ (изучение конфигурации молекул белка, нуклеиновых кислот по распределению на объекте рентгеновского излучения)
IV. Витальное (прижизненное) изучение клеток (изучение свободноживущих простейших, клеток культуры ткани, а также клеток крови)
Есть также Изучение фиксированных клеток:
1. Цитохимические методы.
2. Авторадиография.
3. Иммуногистохимические методы.
4. Цитоспектрофотометрия.
5. Цитофизиологический метод.
6. Метод культуры тканей