Питание реки снеговое. Половодье наблюдается летом.
Принимая большие притоки, берущие начало в снежных горах. Юкон является чрезвычайно многоводной рекой; вода в нем стоит на высоком уровне даже в конце лета. С октября по май река покрыта льдом. Половодье достигает здесь колоссальных размеров; вода поднимается часто до 20 м выше среднего уровня.