Николай Коперник родился 19 февраля 1473 года в польском городе Торунь (на берегу реки Вислы) в семье купца, приехавшего из Германии. Николай был четвертым ребенком в семье.
Начальное образование он получил в школе при костёле святого Яна. После смерти во время чумы Николая Коперника-отца заботы о племяннике принял на себя его дядя - епископ Лукаш Ваченроде, брат матери.
Во второй половине октября 1491 года Николай Коперник с братом Анджеем приехал в Краков и записался на факультет искусств Краковского университета.
В 1496 году Николай вместе с братом переезжает в Болонью, входившей тогда в Папскую область и славившуюся своим университетом. Николай записался на юридический факультет с отделениями гражданского и канонического (церковного) права.
9 марта 1497 года Николай провел свое первое научное наблюдение вместе с астрономом Доменико Марией Новара.
В 1498 году Николай Коперник был утвержден заочно в сане каноника Фромборкского капитула.
Николай на короткое время возвращается в Польшу, но через год вновь отправляется в Италию - изучать медицину в Падуанском университете, получает степень доктора богословия в университете Феррары. На родину Коперник вернулся в конце 1503 года и поселился в городе Лидзбарке, а затем занял должность каноника во Фромборке - рыбачьем городке в устье Вислы.
В Фромборке Коперник проводил астрономические наблюдения, несмотря на неудобства из-за частых туманов с Вислянского залива. Наиболее известным прибором, которым пользовался Коперник, был трикветрум, параллактический инструмент. Второй прибор, употреблявшийся Коперником для определения угла наклона эклиптики, "гороскопий", солнечные часы, разновидность квадранта.
В "Малом комментарии", написанном приблизительно в 1516 году, Коперник дал предварительное изложение своего учения, точнее своих гипотез.
В начале ноября 1520 года, в самый разгар войны с крестоносцами, Коперник избирается администратором владений капитула в Ольштыне и Пененжно. Под его командованием немногочисленный гарнизон Ольштына, сумел его отстоять. Вскоре после заключения перемирия в апреле 1521 года Коперник назначается комиссаром Вармии, а осенью 1523 года - канцлером капитула.
К началу тридцатых годов работа над созданием новой теории и ее оформлением в труде "Об обращениях небесных сфер" была в основном закончена. К тому времени почти полтора тысячелетия просуществовала система устройства мира, предложенная древнегреческим ученым Клавдием Птолемеем.
Коперник считал, что человек воспринимает движение небесных тел так же, как и перемещение различных предметов на Земле, когда он сам находится в движении. Наблюдателю, находящемуся на Земле, кажется, что Земля неподвижна, а Солнце движется вокруг нее. На самом же деле это Земля движется вокруг Солнца и в течение года совершает полный оборот по своей орбите.
Коперник был при смерти, когда друзья принесли ему первый экземпляр "Об обращениях небесных сфер", отпечатанный в одной из нюрнбергских типографий.
Коперник скончался 24 мая 1543 года в городе Фромборке, где и жил последнее время.
Некоторое время его труд свободно распространялся среди ученых. Только тогда, когда у Коперника появились последователи, инквизиция "спохватилась". Его учение было объявлено ересью, а книга внесена в "Индекс" запрещенных книг (с 1616 по 1833 годы).