Первый ученик ответил правильно! Потому что:
1. Буква Ы не дает мягкости, а И дает. Так что в этом случае в слове рысь буква Р твердая, а в слове рис Р мягкая.
2.Они отличаются гласными Ы, И.
3.В слове рысь на конце слышится мягкость, потому что, на конце стоит мягкий знак. В слове рис, последняя буква слышится твердо.