1) Наглядное представление информации.
2) Простота в использовании: в консоли вы не можете посмотреть содержимое папки, если не знаете, какой командой это делается.
3) Быстрое переключение между задачами и многозадачность (попробуйте одновременно выполнить несколько программ в одной консоли. Если я не ошибаюсь, это возможно только в Unix-подобных системах.)
1) Избыточное количество действий: нередко для выполнения тривиальных задач нужно нажать больше кнопок, чем в консоли. Например, su kwrite выполняется гораздо быстрее, чем Пуск - Все программы - Стандартные - Блокнот.
2) Сложности в настройке: нередко трудно выбрать подходящие размеры шрифта, а неправильный выбор может быть вреднее для глаз или причинять неудобства.