Кожа позвоночных состоит из многослойного эпителия (эктодермального происхождения) - эпидермиса и внутреннего соединительнотканного слоя (мезодермального происхождения) - дермы, или кутиса.
У хрящевых рыб появляется плакоидная чешуя, представляющая собой пластинку, несущую шип или зубец. Чешуя состоит из дентина, более прочного, чем кость. Шип снаружи покрыт эмалью, еще более твердой, чем дентин. В закладке плакоидной чешуи участвует эпидермис и дерма. Кроме того, эпидермис содержит большое количество одноклеточных слизистых желез.
У костных рыб появляется костная чешуя за счет дермы, без участия эпидермиса. Филогенетически костная чешуя связана с более примитивной плакоидной чешуей.
У земноводных чешуя исчезает и начинает происходить процесс ороговения верхнего слоя эпидермиса. Слизистые железы становятся многоклеточными. Слизь защищает земноводных от высыхания и обеспечивает кожное дыхание.
У рептилий происходит полное ороговение поверхностного слоя эпидермиса, вследствие чего тело становится покрытым роговыми чешуйками, которые периодически сбрасываются и заменяются новыми. Слизистые железы исчезают.
У птиц возникают роговые образования более сложного строения - перья (гомологичные чешуе пресмыкающихся), которые периодически сбрасываются и заменяются новыми. Кожа сухая, практически лишена желез (исключение - копчиковая железа для смазывания перьев).
У млекопитающих возникают роговые придатки сложного строения: волосы, ногти, копыта, рога и др. Кожные железы (гомологичные слизистым железам амфибий). Потовые железа дают начало сальным и млечным железам.