Во-первых, постоянные крестьянские волнения не позволяли свести все войска против Японии, тем более к концу войны началась первая русская революция 1905-1907 гг.
Во-вторых, Англия и США, заинтересованные в ослаблении России поддерживали Японию, выдавая оружие, кредиты, сырье
В-третьих, русское командование большей частью бездарно управляло обороной, нападение было совершено неожиданно (как Перл-Харбор в США)
В-четвертых, географическое положение Порт-Артура было не в пользу русских