Получение независимости герцогством ставило перед курфюрстом особые задачи: ему надо было, прежде всего, укрепить свои позиции, так как была известна определенная, традиционно пропольски настроенная позиция прусского населения; не формально, а на деле укрепить единство двух изолированных частей государства и заставить их функционировать по общим законам. Между тем все это было нелегким делом.
Курфюрст ощутил это с первых же шагов укрепления своих позиций в Кенигсберге. В популярной исторической литературе, особенно российской, часто сообщается, что крепость Фридрихсбург курфюрст воздвиг как раз для того, чтобы держать под контролем непокорных горожан. Конечно, эту роль крепость на берегу Прегеля играла. Но все же главное ее предназначение было в другом.
Кенигсберг был известным торговым городом. Важнейшим торговым каналом была река Прегель, впадающая через залив в Балтийское море. Фридрих Вильгельм остро нуждался в средствах в середине 50-х годов и получить их мог с Кенигсберга, а для этого нужно было поставить под контроль прежде всего морскую торговлю. Для этого он вначале ввел в город своих солдат, а затем приказал выстроить и крепость, где впоследствии расположился гарнизон. По сообщению Ф. Гаузе, население Кенигсберга восприняло такие действия курфюрста как притеснение. Искали любой повод, чтобы заставить его снести крепость или хотя бы отказаться от «вербованных народов» в составе ее гарнизона и заменить их на городское ополчение. В целом, справедлив был их упрек за то, что курфюрст построил крепость за городской земле, однако тот заявил, что правитель земли волен забирать под строительство крепостей и частную землю, так как ous publicum — общественное право — стоит над jus privatum — частным правом. Это только еще больше подлило масла в огонь.
Практически с середины XVII в. Бранденбургско-Прусское государство стало формироваться как абсолютистско-дворянское государство. К этому вела логика государственного развития. В орденский период завоевание территорий производилось силами военно-земледельческих элементов и в их пользу. Рыцарство обеспечивалось таким образом и землей, и рабочей силой. Позже, когда воин-рыцарь стал превращаться в крупного землевладельца, потребовались условия, которые обеспечили бы поместному дворянству ведение товарного хозяйства. Данное обстоятельство стало одной из причин, по которой бранден-бургские курфюрсты стали искать выход к морю, по которому производимый землевладельцами хлеб поступал бы в страны, испытывающие потребность в нем. В XVI в. в Германии власть принадлежала сословиям, основную роль среди которых играло дворянство. Аналогичную ситуацию можно было наблюдать и в герцогстве Пруссия. При этом постепенно шла утрата политических прав городов и дальнейшее укрепление позиций правящего дворянства.
Но если в самой Германии где-то с середины XVII в. дворянству стало выгодно отказываться от своих политических прав и передавать осуществление своих интересов в руки централизованной государственной власти, которая стала обладать к этому времени развитым бюрократическим аппаратом, финансами и военными средствами, то в Пруссии этот процесс вызывал серьезные осложнения.