Сплюснутость Земли - это факт, а не "считается". Это действительно довольно малая величина - около 0,3%.
Чтобы разобраться в вопросах, подобных вашему, часто бывает полезным рассматривать крайние случаи. Положим, что форма Земли - идеальная сфера, В этом случае, ясно, что оба пути будут одинаковыми. Теперь же представим, что она сплюснута настолько, что напоминает хоккейную шайбу. Тогда меридианальное путешествие по ней - это немного дольше двойного диаметра (по экватору) Земли, тогда как по экватору - п=3,14 раз длиннее того же диаметра. Таким образом навигатор, как и следовало ожидать, прав: путь по меридиану несколько короче.