Вся полнота власти сосредотачивается в руках царя. Все действия власти совершаются от имени царя и по царскому указу. Свою власть царь осуществлял непосредственно через Боярскую Думу и Приказ тайных дел.Управление проводилось через приказы, каждый из них имел свои функции.
Боярской Думе подчинялись: Разрядный приказ, Поместный приказ и Посольский приказ. Этим трем приказам подчинялись все остальные приказы (кроме Дворцовых приказов и Патриарших приказов). Приказ Тайных дел подчинялся исключительно царю. Кроме того, царю и приказу Тайных дел подчинялись Дворцовые приказы. Свои приказы имел Патриарх. Возглавляли прилазы судьи из числа бояр и проче знати.