Большинство их — водные организмы, широко распространенные как в пресных, так и в морских водоемах. Небольшое число видов приспособилось к жизни в почве.Интересно отметить, что даже в песках пустыни Каракум живут простейшие. Также некоторые простейшие являются паразитами и живут в организме-носителе