Почему все-таки базаров в конце романа умирает?

Это поучение или морал, как угодно. Автор хотел сказать, что такое рано или поздно случилось бы, что Базаров - конченный человек, грубо говоря и что морально он мертв давно. Его смерть была логическим завершением.