Вредные вещества удаляются из организма амебы через поверхность тела, а так же через сократительную вакуоль. Окружающая амебу вода постоянно проникает в цитоплазму. Избытки этой воды с вредными веществами наполняют вакуоль. Иногда ее содержимое выбрасывается наружу.