Завершающим этапом в государственной централизации и утверждении абсолютизма в Испании стало правление Филиппа II (1556 – 1598), представителя новой в стране династии Габсбургов (с 1519 г.), ветви германских императоров. В эти годы под властью испанской короны был объединен весь полуостров (Португалия присоединена в 1580 г.), шли обширные завоевания в Новом Свете, в Африке. Испанская империя стала поистине всемирной державой, хотя и испытывала временами чувствительные поражения на море от новых соперников – Англии или Нидерландов.
При Филиппе II корона нанесла решающее политическое поражение кортесам и хранителю сословных привилегий – верховному трибуналу. Воспользовавшись восстанием в Сарагосе, которое поддержали сословные учреждения и даже объявили сбор армии для отпора королю, Филипп II, разгромив восставших, сместил верховного судью Лануса, отдал его под суд, а следом сократил полномочия трибунала, реорганизовал общегосударственные кортесы. Юстиция в стране отныне была только королевской.В условиях противоборства короны с провинциальным сепаратизмом и сословными учреждениями единственным реальным путем становления абсолютизма была сфера управления. Создание центральной королевской администрации осложнялось расколом страны.До середины XVI в. корона располагала сетью специальных советов для общеадминистративных дел – в основном они организовывались территориально (по Италии, Фландрии, Арагону, Индии и т. п.), но были уже и ведомственные (Военный, Финансовый). Важную роль в разрастании роли королевской администрации сыграл созданный в 1495 г. Совет рыцарских орденов, поставивший под контроль обширную церковно-имущественную сферу. При Филиппе II все советы были переведены в столицу – Мадрид. Они стали поначалу номинально, затем все более подчиняться управлению Королевского совета. Этот орган также был реформирован, утратив характер сословного представительства. По реформе 1586 г. в состав Совета входили президент и 16 правоведов-советников, подотчетных только королю. Роль Совета была сокращена только до совещательной – «для рассмотрения подлежащих обсуждению дел». В 1628 г. Совет был реорганизован в 4 специализированные палаты с определенными функциями (судебную, управления, провинциальную и т. д.). Наряду с ним с 1588 г. сложился узкий совет – из приближенных короля, его фаворитов, влиятельных духовных лиц. Дела специализированных советов во многом стали зависеть от назначенных королем должностных лиц – секретарей, которые в XVII в. практически приобрели положение министров.В делах управления резко возросла роль советников и чиновников – особенно с юридическим образованием – летрадо. Они потеснили титулованную знать в провинциальном управлении, в городских делах. Юридическая профессия в Испании приобрела статус «благородной», престиж ее был высок. Чиновники-юристы сформировали даже особое сословие, получавшее привилегированные пенсии, права на майорат имуществ, оставшихся без наследников, государственное жалованье. Хотя социальное смыкание чиновничества со старой знатью и составляло немалую трудность в проведении централизаторской политики. Невыгодные королевские приказы под предлогом их неправового характера вызывали оппозицию рождавшейся бюрократии, для которой даже сложилось особое правило поведения: «повиноваться, но не выполнять».С XVII в. в королевстве сформировалась постоянная армия на основе всеобщей рекрутской повинности. Однако политическая вовлеченность испанских Габсбургов в династические споры в Средней Европе, в противоборство в Италии и в Германии, сделав армию постоянной участницей военных авантюр, не способствовала становлению прочной военной организации. Испанская монархия в большей степени зависела от чиновничества, церкви и поддержки высшего дворянства (с XVI в. получивших особые титулы – грандов), чем от институтов, типичных для абсолютизма.