Основные реки страны - Волга, Дон, Кубань, Днепр, Северная Двина, Печора, Обь, Енисей, Лена, Колыма, Амур, оцениваются как загрязненные, а некоторые как "грязные" и "очень грязные". Крупные притоки - Ока, Кама, Томь, Иртыш, Тобол, Миасс, Исеть, Тура - как "очень грязные", местами "чрезвычайно грязные".В наиболее критическом состоянии из-за сточных промышленных вод находятся малые реки, в том числе в бассейне Северная Двина, а так же малые реки Кольского полуострова, большинство рек на территории Республики Алтай и Алтайского края, в бассейне рек Волга, Обь и Амур.Чрезвычайно грязными исследователи так же назвали ряд морских акваторий, в том числе бухту Золотой рог и залив Петра (Японское море), устье реки Терек, районы побережья у городов Дербент и Избербаш (Каспийское море), дельту реки Кубань (Азовское море), Невскую губу (Балтийское море) и отдельные участки побережья Охотского моря.