Смутное время было закончено с большими территориальными потерями для Руси. Смоленск был утрачен на долгие десятилетия; западная и значительная часть восточной Карелии захвачены шведами. Не смирившись с национальным и религиозным гнётом, с этих территорий уйдёт практически все православное население, как русские, так и карелы. Русь потеряла выход к Финскому заливу. Шведы покинули Новгород лишь в 1617 году, в полностью разорённом городе осталось только несколько сотен жителей.
Смутное время привело к глубокому хозяйственному упадку. Во многих уездах исторического центра государства размер пашни сократился в 20 раз, а численность крестьян в 4 раза. В западных уездах (Ржевском, Можайском и т. д. ) обработанная земля составляла от 0, 05 до 4,8 %. Земли во владениях Иосифо-Волоколамского монастыря были "все до основания разорены и крестьянишка с женами и детьми посечены, а достольные в полон повыведены.. . а крестьянишков десятков пять-шесть после литовского разорения полепились и те ещё с разорения и хлебца себе не умеют завесть". В ряде районов, и к 20-40 годам 17 века населенность была все ещё ниже уровня 16 века. И в середине 17 века "живущая пашня" в Замосковном крае составляла не более половины всех земель, учтенных писцовыми книгами.