Во-первых, у них разная масса. Медь тяжелее пробирки.
Во-вторых, между молекулами любого вещества существуют частички воздуха. Между молекулами пробирки воздушные мешки больше, а воздух всегда выталкивается в воде вверх (именно на основе этого и придуманы плавательные круги и нарукавники).
Таким образом, вот почему пробирка не тонет в воде и её выталкивает.