Для этого надо вспомнить, чем отличаются высшие растения от низших. Высшим растениям свойственна дифференциация тканей, в отличие от растений низших (например, водорослей).
У голосеменных растений вполне присутствует дифференциация тканей (у них есть корни, стебли, листы и т.п.), поэтому они и относятся к высшим растениям.