Не всегда. Сначала верховным богом был бог солнца Ра. Бог Ра был главным в городе Гелиополе, а бог Амон в городе Фивы. Столица Египта переместилась в город Фивы по причине, связанной с нашествием гиксосов и войной против них египтян за за свою независимость. Амон-Ра стал называться новый верховный бог Египта, объединивший в себе двух богов разных городов.