Считается, что животные произошли отжгутиковых одноклеточных, а их ближайшие известные живые родственники — хоанофлагеллаты, воротничковые жгутиконосцы,морфологически сходные с хоаноцитаминекоторых губок. Молекулярные исследования определили место животных в надгруппе Opisthokonta, куда также включают хоанофлагеллат, грибы и небольшое количество паразитическихпротист. Название Opisthokontaобозначает заднее расположение жгутика в подвижной клетке, как у большинствасперматозоидов животных, в то время как другие эукариоты, как правило, имеют передний жгутик.