Пигменты покровов определяют окраску животных, значение которой очевидно. Хлорофилл и другие пигменты несут фотосинтетические функции. Пигменты в цветах и других частях растения могут играть роль для привлечения опылителей. Некоторые пигменты играют роль в дыхании растений и животных, в зрении (родопсин).