Богоявленский собор был построен в 1784 году на месте деревянной Богоявленской церкви, поставленной в 1630 году, и является самым старым сохранившимся зданием в Томске и во всей Томской области. В стенах собора 6 августа 1804 года был торжественно провозглашен указ Александра I о создании Томской губернии с центром в Томске. В 1918 году Богоявленский собор был закрыт первым в Томске. В 2003 году собор был восстановлен и освящён.