They are = they're. You are = you're. We are = we're.
Второй вариант - это просто сокращение первого. Они ничем друг от друга не отличаются, разве что в деловом письме сокращения не приветствуют.
Так же есть другие варианты сокращений в английском языке. Например, I will = i'll. He is = he's. She has got = she's got.