Его основная идея ускользает от читателя благодаря мастерству писателя: дивный образный язык романа, его странные персонажи (черти, фаготы, коты, голые девицы), фабула любовной истории совершенно заслоняют то, ради чего и было написано это произведение. Можно сказать, что, парадоксальным образом, Булгаков проиграл в идейном воздействии вследствие внешнего стилистического мастерства, в то время как Достоевский выиграл по причине формального несовершенства своих религиозно-психологических творений. Идея Достоевского не скрыта под одеждами блистательной формы и потому легко обнаруживается читателем. Булгаков же подобен капусте: чтобы обнаружить в нем “кочерыжку” сути, нужно сперва снять одёжки анекдота, сатиры, психологической драмы, политического протеста и мистериального действа. Без этой “кочерыжки” роман воспринимается то как библия русского интеллигента-шестидесятника, то как бытовой анекдот из жизни старой Москвы, то как результат тайного сговора между автором и Сатаной, которому автор заложил душу. Роман считают мистическим, в нём усматривают диспропорцию отношений между Добром и Злом, даже смешение этих начал. В общем и целом, современное понимание романа Булгакова сводится к двум основным трактовкам:
1. Роман этот — тайный протест автора против сталинской тирании, гуманистическое произведение о любви и творчестве.
2. Роман этот — вариант поэмы о Фаусте с явным пиететом автора перед Мефистофелем и силами зла. Зло здесь постоянно творит добро, добрые же побуждения становятся источниками зла. Поэтому роман небезупречен с точки зрения нравственно-этической позиции автора.