Усі найпростіші належать до еукаріот, їхні клітини мають оформлене ядро, в якому міститься генетичний матеріал. Від навколишнього середовища клітина відмежована клітинною мембраною, яка виконує бар’єрну та захисну функції. У цитоплазмі розрізняють два шари: ектоплазму (зовнішній) і ендоплазму (внутрішній). До органел, типових для еукаріотичних клітин, належать мітохондрії, ендоплазматичний ретикулум, рибосоми, апарат Гольджі, лізосоми, ядро. Поряд із ними в цитоплазмі найпростіших присутні специфічні органели — травні та скоротливі вакуолі, базальне тільце (у джгутикових), вічка.