Систематика губок основана на составе и строении скелета. Класс Известковые губки: морские, преимущественно мелководные губки. Скелет состоит из одноосных, трёхосных или четырёхосных игл из углекислой извести. Класс Стеклянные губки: В основе скелета трёхосные кремниевые иглы, часто спаиваются концами, образуя решетки различной сложности. Морские глубоководные, одиночные. Слабое развитие мезоглеи и слияние клеточных элементов. Класс обыкновенные губки: Скелет кремниевый, спонгиновый или сочетание того и другого.