Смысл названия произведения можно толковать двояко. Первый вариант лежит на поверхности - повесть могла быть так названа в честь самого эксперимента, произведенного профессором Преображенским: он пересадил человеческое сердце в тело собаки.
Также смысл названия может заключаться в самих людях, таких, как Швондер. Им никто не пересаживал собачьих сердец, они у них с рождения