В выражении "Не пищите!" глагол стоит в повелительном наклонении. В таком случае корень будет "пищ" окончание "и", а "те" будет постфиксом, добавляемом в повелительном наклонении. Постфикс выделяется так же, как и суффикс.
В выражении "Зачем вы пищите?" глагол "пищите" стоит в привычном нам изъявительном наклонении. В данном случае корень снова будет "пищ", а "ите - окончание, характерное , второму лицу, множественному числу.