На голове находятся большие сложные глаза, в каждом из которых содержится до 4000 глазков.
Между сложными глазами расположены три маленьких простых глаза, образуя треугольник. Усики у комнатной мухи очень короткие. С усиками связаны органы обоняния мухи. Обоняние у мухи развито очень хорошо: она издалека летит на запах пищи.
Ротовые органы комнатные мухи превратились в мягкий хоботок, с помощью которого муха не только сосет жидкую пищу, но может также, слизывать частицы твердой пиши.Голова комнатной мухи очень подвижна.