Миссури образуется в Скалистых горах на юго-востоке Монтаны путём слияния трёх рек — Джефферсон, Галлатин и Мадисон.
Длиннейший из истоков начинается из ручья Брауэр на высоте 2750 м над
уровнем моря, на западном склоне горы Джефферсон. Направляясь сперва на
запад, а затем на север, ручей впадает в Хэлл-Рэарин-Крик, а тот, в свою
очередь — в реку Рэд-Рок. Уклонившись к северо-востоку, Рэд-Рок впадает
в реку Биверхэд, а та уже формирует реку Джефферсон. Река Файрхол берёт
начало из озера Мадисон в национальном парке Йеллоустон
и, соединяясь с рекой Гиббон, формирует реку Мадисон. Другой исток
Миссури, Галлатин, берёт начало из одноимённого озера, расположенного
также на территории национального парка. Последние два истока, начинаясь
в Вайоминге, текут главным образом в северном и северо-западном направлениях, на территорию Монтаны[3].Официально Миссури начинается в месте соединения рек Джефферсон и Мадисон в парке штата Исток Миссури, вблизи городка Три-Форкс
(Монтана). Галлатин впадает в неё всего в 1,6 км ниже по течению. Затем
Миссури протекает через водохранилище Каньон-Фэрри, к западу от части
Скалистых гор, известной как Большой пояс. Спускаясь с гор вблизи
городка Каскейд одноимённого округа, река течёт на северо-восток до
города Грейт-Фолс,
где она падает в виде серии водопадов. После этого Миссури течёт на
восток, через живописный регион каньонов, известный как Разломы Миссури.
Здесь река принимает левый приток Мариас, после чего Миссури
расширяется в виде водохранилища Форт-Пек, в нескольких километрах выше
от места впадения в неё реки Масселшелл. Сразу ниже водохранилища в Миссури с севера впадает крупная река Милк.Протекая в восточном направлении через равнинные районы восточной
Монтаны, Миссури встречает приток Поплар, впадающий с севера недалеко от
пересечения рекой границы с Северной Дакотой, где в Миссури встречает
свой наиболее многоводный приток — Йеллоустон, текущий с юго-запада. В
месте его впадения Миссури на самом деле имеет меньший расход воды, чем
сам Йеллоустон. Далее река, извиваясь, течёт далее на восток мимо города
Уильстон и образует водохранилище Сакакави, сформированное дамбой
Гаррисон. Ниже дамбы Миссури принимает западный приток Найф, а затем течёт в южном направлении до столицы Северной Дакоты — города Бисмарк,
где в неё впадает река Харт, также текущая с запада. Далее, сразу ниже
притока Каннонбол, на реке находится водохранилище Оахе. Впоследствии,
ниже дамбы Оахе, Миссури продолжает течь на юг, принимая такие западные
притоки как Гранд, Моро (англ.)русск. и Шайенн, уже на территории штата Южная Дакота.Выходя на Великие Равнины,
Миссури делает поворот на юго-восток, здесь река принимает значительный
западный приток Ниобрара и множество мелких притоков. Затем река течёт в
восточном направлении, формируя границу штатов Южная Дакота и Небраска, а далее, принимая крупный северный приток Джеймс,
поворачивает к юго-востоку, составляя границу уже между Небраской и
Айовой. Немногим ниже Джеймса Миссури принимает другой значительный
северный приток — Биг-Су. У города Омаха Миссури встречает свой длиннейший приток — реку Платт,
впадающий с запада. Ниже река составляет небольшую часть границ штатов
Небраска и Миссури, а далее — Канзаса и Миссури. Ниже города
Канзас-Сити, где в Миссури впадает Канзас, река протекает через центральную часть штата Миссури, где она встречает приток Осейдж, впадающий немногим ниже города Джефферсон-Сити. Миссури впадает в Миссисипи к северу от Сент-Луиса, на границе со штатом Иллинойс[3].