Сохранению паразитов способствует не только усиление их воспроизводительной способности, но и усложнение цикла развития, в частности переход от прямого развития к сложному с участием одного или нескольких промежуточных хозяев, иногда к чередованию поколений. У паразитов рыб различных систематических групп сохранилось прямое развитие. В теле рыбы или на его поверхности паразит достигает зрелости, образует инвазионные стадии – яйца, споры, бродяжки, которые затем попадают в воду. В одних случаях из яиц выходят свободноплавающие личинки, которые находят хозяина, специфичного для данного вида, и поселяются на нем. Так происходит заражение рыбы моногенеями, некоторыми рачками и инфузориями. Это активный способ заражения. В других случаях споры или яйца заглатываются рыбами вместе с пищей. Это так называемый пассивный способ заражения, характерный для миксоспоридий, некоторых жгутиковых.
У очень многих паразитов цикл развития является сложным, поскольку он протекает при участии одного или нескольких промежуточных хозяев, в которых паразит не достигает половой зрелости, и окончательного хозяина, в котором паразит ее достигает.