Чаще для очистки разных стоков используют одноклеточную водоросль хлореллу (Chlorella vulgaris). Она хорошо выдерживает сильное загрязнение, например нефтепродуктами (до 40 г/л) . В последнее время применяют и зеленые нитчатые водоросли (например, кладофору - Cladophora), обладающие большой поглотительной способностью. Так, при наличии всего 1 г биомассы на 1 л воды они за двое суток (и меньше) могут усвоить из нее 14 мг аммонийного азота и почти 7 - нитратного, около 1,5 мг фосфора; активно потребляют магний, калий, серу, кобальт, цинк, кадмий, свинец и другие тяжелые металлы.
Кладофора и другие нитчатые водоросли обладают высокой бактерицидной активностью, понижают в воде в десятки, а порой и в сотни раз содержание нежелательных сапрофитов, угнетают развитие дизентерийной палочки и др. Благодаря высокой способности минерализовать органическое вещество в воде водоросли можно использовать в качестве биопоглотителя для очистки стоков животноводческих ферм, дренажных и загрязненных поверхностных вод к такому выводу пришли ученые Всесоюзного НИИ по охране природы. Они полагают, что биомассу таких водорослей можно использовать на корм животным, а также для промышленной переработки, цель которой - получение каротина, хлорофилла и других ценных веществ.