Это сложноподчиненное предложение, поэтому запятая перед где. Две другие запятые выделяют обособленное определение, выраженное причастным оборотом, который надо подчеркнуть волнистой линией.
Саксаул поселяется - грамматическая основа
поселятся где? всюду - обстоятельство, саксаул какой? чёрный - определение
поселяется в отличие от чего? от саксаула - дополнение
от саксаула какого? белого - определение
воды есть - грамматическая основа
воды какие? грунтовые близкие - определения
есть где? где - обстоятельство