Композиция в романе сложная и оригинальная. С одной стороны, в центре всех пяти новелл образ Печорина, с другой стороны, здесь нет обычного "наслоения" эпизодов, сцен, встреч главного героя с другими персонажами.
Столкновение главного героя романа с другими персонажами образует несколько сюжетных линий, в основе которых разные конфликты: интимные, психологические, нравственные, философские, конфликты характеров: Печорин и Бэла, Печорин и Мери, Печорин и Вера, Печорин и Вернер, Печорин и Грушницкий, Печорин и Максим Максимыч, Печорин и «водяное общество» . Эти сюжетные линии, различные по протяженности во времени, дополняются скрытым подтекстом конфликт Печорина и «власть имущих» , по воле которых он оказался на Кавказе, «правопорядок» которых герой не принимает . Соединение сюжетных линий образует полифоническую структуру романа.