Фагоцитоз протікає у дві стадії: 1) адсорбція частинки на поверхні макрофага, 2) власне проникнення частинки в клітку. Поглинена частка, як правило, розчиняється або перетравлюється, однак деякі види патогенних мікроорганізмів здатні тривалий час існувати в тілі макрофага (эндоцитобиоз).