Организация кальвинистской церкви сильно отличалась как от католической, так и от лютеранской. Основу кальвинистской церкви составляла община верующих, которые сами избирали своих старшин — пресвитеров. Они руководили жизнью общины, строго следили за соблюдением моральных заповедей и нравственностью ее членов.
Священников, возведенных в сан, в кальвинистской церкви не было. Проповедников-пасторов избирали из наиболее образованных и подготовленных для проведения службы. Пресвитеры и пасторы составляли консисторию — орган, руководивший духовными и светскими делами общины. Для решения теоретических вопросов веры собирались съезды кальвинистских пасторов — конгрегации. Независимость общин от какой-либо верховной власти, принцип выборности делали кальвинистскую церковь более демократичной, чем католическая или лютеранская. Однако постоянное вмешательство руководства общины в частную жизнь верующих ограничивало духовную свободу ее членов. Кроме того, при жизни самого Кальвина он пользовался непререкаемым авторитетом среди своих последователей, поэтому малейшие отступления от официальной точки зрения, высказанной им, карались с такой же непримиримостью, с какой католическая церковь боролась с еретиками.