Имеет очень чистую воду и поэтому разнообразное и большое количество рыбы: муксун, кондевка, нельма, омуль, таймень, налим. В верхнем течении обитают: ленок, хариус, елец, щука, окунь, всего встречается 36 видов рыб, в том числе уникальные сиговые рыбы.
В дельте Лены встречается 121 вид птиц, из которых 71 отмечен на гнездовании. Наиболее интересные гнездящиеся виды – малый лебедь, кликун, черная казарка, пискулька, малая и сибирская гаги, кречет, сапсан, беркут, розовая и вилохвостая чайки. Залетают стерх и белый гусь.
Здесь постоянно обитает 17 видов млекопитающих, еще 8 видов периодически заходят. Среди постоянных обитателей тундр – сибирский и копытный лемминги, северный олень, песец, изредка с севера сюда заходит белый медведь. В горах можно встретить черношапочного сурка, северную пищуху, лемминговидную полевку. Из морских млекопитающих в прилежащих к дельте Лены частях моря Лаптевых и у Новосибирских островов распространены белуха, нарвал, морж, морской заяц, кольчатая нерпа.