В 1701 г. было реформировано управление церковно-монастырскими землями. Петр 1 восстановил Монастырский приказ, контролировавший церковные доходы и суд над монастырскими крестьянами. В 1721 году принят Духовный регламент, фактически лишивший церковь самостоятельности. На смену патриаршеству создан Святейший Синод, члены которого подчинялись Петру 1, которым и назначались. Церковное имущество часто отнималось и тратилось на нужды императора.
Церковные реформы Петра 1 привели к почти полному подчинению духовенства светской власти. Помимо устранения патриаршества многие епископы и простые священнослужители подверглись гонениям. Церковь уже не могла проводить самостоятельную духовную политику и отчасти потеряла авторитет в обществе.