Химический элемент — множество атомов с одинаковым зарядом ядра, числом протоноа, совпадающим с порядковым (атомным) номером в таблице Менделеева.
Атом - наименьшая химически неделимая часть химического елемента, являющаяся носителем его свойств.
Молекула - электрически нейтральная частица, состоящая из двух или более связанных ковалентными связями атомов, наименьшая частица химического вещества, обладающая всеми его химическими свойствами.
Вот в етом всём и заключается различие!