По происхождению Галичанин, родился в городе Судовая Вишня. Биографические данные о Вишенском весьма скупы. Известно, что он был высокообразованным человеком и в молодости проживал некоторое время в Луцке.
Приблизительно в 70-х годах XVI века из-за несогласия с феодальным строем Речи Посполитой стал монахом на Афоне, который был в те времена центром православного монашества на Востоке. Поддерживал тесные отношения с Львовским братством. Литературную деятельность начал одновременно с острожскойгруппой полемистов.
В 1590-х годах были написаны самые выдающиеся произведения Иоанна, направленные против Брестской унии. В 1598 году в острожской «Книге» напечатал послание Константину Острожскому и православным, написанное им от имени монахов Святой Горы. Около 1600 года на Афоне составил сборник «Книжку», в который вошли «Извещение краткое», «Писание до всех обще, в Лядской земли живущих», послание князю Константину Острожскому и епископам, а также «Обличение диавола-миродержца», «Порада» и другие произведения. В 1600—1601 годах Вишенский написал «Краткословный ответ» польскому католическому теологу Петру Скарге.
Около 1604 года вернулся на Русь, некоторое время пробыл во Львове, но разошёлся взглядами с руководителями братства. Временно пребывал в Уневском монастыре, где в1605 году написал «Послание Домникии», посвящённое полемике с влиятельным членом львовского братства Юрием Рогатинцем. Жил в Манявском ските у Иова Княгиницкого. В1606 году вернулся на Афон. В 1615—1616 годах написал последнее известное произведение «Позопище мысленное». Впервые в литературном произведении показал жизнь низшего слоя общества — крестьянства.
В 1621 года киевский собор постановил вызвать Иоанна, в числе прочих, в южную Россию. О том, посетил ли Иоанн Россию, ничего не известно.
Умер около 1630 года.