Тело простейших ограничено снаружи тончайшей мембраной, под которой находится цитоплазма и ядро (одно или несколько). Цитоплазма представленна двумя слоями: наружным светлым и плотным-эктоплазмой, и внутренним менее плотным с многочисленными включениями-эндоплазмой. В эндоплазме сосредоточены все основные органеллы клетки: митохондрии, лизосомы, аппарат Гольджи , эндопазматическая сеть и др. У простейших имеются специальные органеллы: пищеварительные и сократительные вакуоли, опорные и сократительные фибриллы. Простейшие, тело которых ограниченно мембраной, не имеют постоянной формы тела,например амебы. У ряда видов клеточная мембрана уплотняется за счет эктоплазмы и становится плотно и элостичной,образуя так называемую пеликулу. например инфузории.