При царе Федоре экономическое положение государства несколько улучшилось, и хозяйственный кризис становился менее острым. Хозяйство заметно восстанавливалось. Увеличилась барская запашка за счет заброшенных пустых земель. Землевладельцы «безоброчно» расхватывали государевы земли ради увеличения той же запашки.
Несколько увеличились торговые обороты. Но этот сельскохозяйственный подъем достигался за счет усиления феодальной эксплоатации крепостного населения.Поддерживая дворянство и стремясь укрепить его экономическое положение, Годунов около 1591 г. провел важную земельную реформу — освобождение части помещичьей пашни от уплаты посошной подати, но реформа распространялась только на тех, кто лично нес военную службу и жил в своих поместьях.
Такая реформа, конечно, должна была содействовать росту запашки, но в то же время она неизбежно вызывала усиление феодальной эксплоатации.Укрепляя политические позиции дворянства, Годунов отбирал земли у своих политических противников и тем увеличивал земельный фонд, который он мог предоставить в распоряжение дворянства.
Современник Авраамий Палицын обвинял Бориса в том, что он грабил «домы и села бояр и вельмож». В 1593—1594 гг. была организована проверка прав монастырей на землю, и многие земли были отписаны «на государя», так как у монастырей не оказалось документов на право владения ими. Годунов пытался опираться на служилых и посадских людей, видя в них социальную опору своей власти.
Унижая и отстраняя «высокородных» людей, Годунов возвышал «худородных» так же, как это делал Грозный.Особое место во внутренней политике правительства Федора занимал церковный вопрос. По мнению правительства, управление православной русской церковью не отвечало тому достоинству, которое занимала Москва—третий Рим, как оплот чистоты православия, и московский царь, как наследник византийских императоров и покровитель христиан православного мира.
Правительство считало нужным уничтожить это противоречие и учредить в Москве «всероссийское патриаршество».Летом 1588 г. приехал в Москву константинопольский патриарх Иеремия, и от него было получено согласие посвятить в патриархи московского митрополита Иова, что и было выполнено 26 января 1589 г. Учреждение патриаршества нуждалось в одобрении со стороны остальных восточных патриархов, которые сначала не соглашались признать пятое патриаршество, но в 1591 г. в Москве была получена от них грамота с признанием равноправным патриарха московского.